MAN 3 Kuningan memiliki misi sebagai berikut:

  1. Meningkatkan Pembinaan Keimanan Dan Ketakwaan
  2. Meningkatkan Budaya Disiplin, Tertib, Bersih, Saling Menghargai
  3. Meningkatkan Kualitas Hubungan Baik Internal Maupun Eksternal Madrasah
  4. Meningkatkan Kualitas Pembelajaran Yang Inovatif, Kreatif, Partisipatif, Kompetitif, Dan Efektif
  5. Meningkatkan Pelayanan Pendidikan Yang Prima
  6. Meningkatkan Kualitas Dan Kuantitas Sarana Dan Prasarana Pembelajaran